Si al intentar actualizar, por ejemplo con portmaster -a en FreeBSD 9 se obtiene el error:
===> Installing for pkgconf-0.8.5
===> pkgconf-0.8.5 conflicts with installed package(s):
pkg-config-0.25_1
They install files into the same place.
Please remove them first with pkg_delete(1).
*** Error code 1
Stop in /usr/ports/devel/pkgconf.
La solución es muy sencilla, se debe reemplazar pkg-config por pkgconf, asi:
portmaster -o devel/pkgconf devel/pkg-config
Y luego proseguir normalmente.